正如市场的预期一样，11月20日中国证监会发布的《关于进一步推进全国中小企业股份转让系统发展的若干意见》，将新三板的分层管理制度明确提上了日常工作议程。根据《意见》第四部分的规定，新三板市场将针对挂牌公司差异化特征和多元化需求，实施市场内部分层。现阶段先分为基础层和创新层，逐步完善市场层次结构。
    最近一年，随着新三板市场的飞速发展，新三板市场的规模急剧扩大，至目前为止，新三板挂牌公司的数量已超过4000家。而在新三板市场快速发展的过程中，挂牌公司良莠不齐的现象十分明显。因此，对新三板市场内部进行分层管理的要求也是越来越迫切。正是在这种背景下，《意见》将新三板市场的分层管理正式提了出来。
    对于新三板市场来说，推出分层管理的意义是十分明显的。在分层管理的情况下，一些好的公司会进入“创新层”，而业绩平庸，企业发展缺少成长性的公司则进入“基础层”。经过这样的分层之后，正如《意见》所提到的，可以降低投资人信息收集成本。这实际上也就是方便了投资者，为投资者指明了投资的方向。同时也可以增加新三板市场对投资者的吸引力，引来更多的机构投资者参与到新三板市场中来。
    当然，在新三板市场实行分层管理也是有利于留住好的挂牌公司的。如果没有分层管理，将好的公司与差的公司混杂在一起，对于一些好的公司来说，这是一件很委屈的事情。特别是在舆论方面一直呼唤转板机制的情况下，好的公司难免有强烈的转板意愿。但通过内部分层，将好的公司归结到一起，让它们的价值在“创新层”得到体现，让这些公司的融资不再困难。并且通过《意见》所指示的“大力发展和培育机构投资者队伍”，赋予“创新层”挂牌公司以较好的流通性，这样即便是PE机构或者挂牌公司高管持股的套现也都不再困难。在这种情况下，挂牌公司的转板意愿就会大大减弱。因此，“创新层”有利于为新三板市场留住好的企业，这对于新三板市场的发展是至关重要的。如果好的企业都转板到创业板或主板市场去了，新三板就只能沦落为垃圾板。
    不仅如此，在新三板市场实行分层管理的情况下，也有利于激发停留在“基础层”挂牌的公司。对于这些在“基础层”挂牌的公司来说，它们有了最为现实的目标。这也使得这些公司有了上进的动力。因为一家企业，如果长期在“基础层”滞留的话，就有可能被市场所遗忘，甚至根本就无法在市场上进行融资。进一步讲，甚至不排除从新三板市场退市的可能性。毕竟在分层管理的背景下，投资者更愿意把目光投向“创新层”。所以，企业如果不想被抛弃，就必须迎头赶上。因此，分层管理对于那些业绩平庸的公司也可以起到鞭策作用。当然，对于那些甘于平庸的公司，留给它们的将会是新三板市场的退市制度了。
    因此，新三板市场的分层管理制度明显有将“创新层”打造成“小主板”、“小创业板”之意图，是新三板市场的“精华层”。可以预计，新三板市场的各项创新制度也都会从“创新层”率先推出。如储架发行制度与授权发行机制，这都将极大地方便“创新层”挂牌公司的再融资。加上“挂牌公司持续融资，可自主决定发行时点和发行方式”，这使得新三板“创新层”对于挂牌公司的魅力在某种程度上甚至超过了创业板与主板。这也正是新三板“创新层”有望叫板主板以及创业板的原因所在。